Цель проекта: Изучение эпидемического потенциала актуальных подтипов вирусов гриппа А, циркулирующих среди диких птиц и млекопитающих на территории Казахстана, их филогенетические взаимосвязи, а также трансмисси и адаптации к млекопитающим, как теоретического фундамента для научно-обоснованного прогнозирования вспышек гриппа человека и животных в РК.
Результаты: Продолжается сбор биологических материалов от диких птиц, летучих мышей, лошадей и каспийских тюленей, для изоляции штаммов вируса гриппа А. Работы по сбору биологических материалов от млекопитающих и диких птиц.
Проводятся ревизии и восстановительные пассажи казахстанских изолятов вирусов гриппа птиц с подтипом НА Н10, различных лет выделения: А/Голубая чернеть/Баканас/6279/2014 Н10, А/Голубая чернеть/Баканас/6289/2014 Н10, А/Кряква/СКО/6403/2014 H10, А/Кряква/СКО/6405/2014 H10, А/Кряква/СКО/6406/2014 H10, А/Казарка/СКО/6412/2014 H10. После восстановительного пассажа титры вирусов в РГА колебались в пределах 1:128-512.
В ноябре 2023 гг. для вирусологических исследований было получено 120 клинических образцов от 24 особи каспийского тюленя. Всего для анализа были взяты пробы от 14 взрослых самок и 10 молодняков каспийских тюленей. От двух видов летучих мышей принадлежащие к родам Rhinolophus и Myotis, собраны 98 биологических образцов в виде ротовых и ректальных смывов, также 50 внутренних секционных материалов на территории Жамбылской области. Работы по сбору биологических материалов от млекопитающих продолжается.
Согласно календарному плану для вирусологического исследования собрано 328 биологических образцов от 182 особей 19 видов диких птиц, принадлежащих к семействам: Pelecanidae, Laridae, Accipitridae, Falconidae, Columbidae, Strigidae, Caprimulgidae, Coraciidae, Meropidae, Sturnidae и Passeridae с августа 2023 г. в Атырауской, Жетысуской и Жамбылской областях. Пробы отбирали в местах наибольшей концентрации перелетных птиц на пролете (с остановками на отдых). Молекулярный скрининг биологических материалов, собранных от диких птиц, также от летучих мышей показал, что в исследованных образцах нуклеиновые кислоты ВГА отсутствует.
Работы по молекулярному скринингу биологических материалов от диких птиц и млекопитающих продолжается.

Цель проекта: Выявить вирусные метапопуляции, циркулирующих среди летучих мышей в Казахстане, провести их молекулярно-генетическую характеристику с целью расширить наши знания о летучих мышах как важного резервуара различных патогеноов в природе и оценить риск возникновения и распространения антропоззонозных инфекций в Казахстане.
Результаты:
- собраны биопробы в виде конъюнктивальных, ротовых, носоглоточных и ректальных смывов, а также фекалий от летучих мышей, их исследование с помощью массового параллельного секвенирования. В результате исследований выявлены положительные пробы для дальнейших работ по изоляции вирусов или бактерий;
- проведен биоинформационный анализ результатов массового параллельного секвенирования с помощью специализированного программного обеспечения, в наглядном виде получена информация о качественном содержании микроорганизмов в исследованных образцах.
изучены основные молекулярно-биологические характеристики казахстанских изолятов микроорганизмов от летучих мышей. Определены генетические детерминанты, характерные для данных семейств, родов, видов или генотипов микроорганизмов;
- проведены филогеографические исследования и установлены возможные взаимоотношения;
- установлен видовой, половозрастной состав летучих мышей – переносчиков возбудителей вирусных инфекций, что будет иметь важное значение в противоэпизоотических мероприятиях. -
- опубликованы статьи в рейтинговых журналах Q1 и Q2:

1. Karamendin K, Kydyrmanov A and Fereidouni S (2024) Has avian influenza virus H9 originated from a bat source? Front. Vet. Sci. 10:1332886. https://10.3389/fvets.2023.1332886 (Q1 квартиль Web of Science)
2. Karamendin, K.; Kydyrmanov, A.; Sabyrzhan, T.; Nuralibekov, S.; Kasymbekov, Y.; Khan, Y. Detection and Phylogenetic Characterization of a Novel Adenovirus Found in Lesser Mouse-Eared Bat (Myotis blythii) in South Kazakhstan. Viruses 2023, 15, 1139. https://doi.org/10.3390/v15051139 (Q2 квартиль Web of Science).

Цель проекта: Изучение виромов респираторного, желудочно-кишечного, урогенитального трактов и идентификация новых вирусов каспийских тюленей.
Результаты: На высокопроизводительным секвенаторе нового поколения Illumina MiSeq просеквенирован виром образцов респираторного, желудочно-кишечного, урогенитального трактов каспийских тюленей, собранных в 2022-2023 гг.
Для высокопроизводительного секвенирование вирома образцов респираторного, желудочно-кишечного, урогенитального трактов каспийских тюленей были взяты пробы от шести взрослых лактирующих самок и 12 щенков каспийских тюленей, которые были объединены в пулы с учетом возраста. Эти образцы использовались для приготовления библиотеки, которые секвенировали на Illumina HiSeq4000 компании Macrogen, Inc. (Республика Корея).
Статистика необработанных данных: общее количество оснований, прочтений, GC (%), Q20 (%) и Q30 (%) рассчитаны на 20 образцов.
Мы собрали качественные риды каждого образца с помощью MEGAHIT v1.2.9 с параметрами «-k-min 21 -k-max 141». Для идентификации таксономии контиги были сопоставлены с базой данных nr NCBI с использованием DIAMOND blastx v. 0.9.24.7. Результаты перенесены на MEGAN v. 6.19.7. Таксономический и функциональный анализ полученных выравниваний с помощью программы MEGANIZER (часть пакета MEGAN).
Проведен вирусологический скрининг секционных материалов, собранных 3-6 ноября 2022 г. от четырех свежепавших тюленей и пяти абортированных плодов, найденных в районе острова Кулалы. Материалы были исследованы на наличие геномных фрагментов вирусов гриппа, морбилли-, корона-, герпес- и аденовирусов.
В ходе анализов установлено наличие морбилливирус-специфичных ожидаемых продуктов ОТ-ПЦР с невысокой интенсивностью свечения в пробах из тканей легких, легочных лимфоузлов, селезенки, печени и почек двух взрослых особей и трех абортированных плодов каспийского тюленя.
Далее проведена прямое секвенирование положительных ампликонов, что позволил получить последовательности фрагмент Р гена морбилливирусов из 360 нуклеотидов. BLAST поиск последовательностей в GenBank демонстрировал их идентичности с таковыми вируса чумы плотоядных (CDV). Полученные последовательности нуклеотидов ПЦР-положительных на морбилливирусы образцов соответствовали таковым CDV и резко отличались от последовательностей гена фосфопротеида других членов рода Morbillivirus, в том числе от PDV (Phocine distemper virus – вирус чумы тюленей или морбилливирус тюленей).
В совокупности эти результаты свидетельствуют о том, что похожие вирусы циркулирует среди тюленей из Азербайджана и Казахстана с интервалом в 11-14 лет.
Предварительный вирусологический скрининг биологических образцов, собранных от тюленей в 2023 г., свидетельствует об отсутствии возбудителей орто- и парамиксо-, и коронавирусной инфекций среди исследованных особей животных. Вирусологический анализ продолжается для обнаружения иных возбудителей вирусных инфекций морских млекопитающих.
Результате анализа, доминирующий род Gammapillomavirus-1 был обнаружен как у детенышей, так и у взрослых тюленей, отловленных в ледовых полях Северного Каспия в районе Каламкас в феврале 2023 г. Размеры нуклеотидов гаммапиломавируса-1 в ротовых и ректальных смывах детёнышей каспийских тюленей составляют 702 и 616 нуклеотидов (нт), а в пробах ротовых и урогенитальных смывов взрослых самок — 251 и 353 нт, соответственно. В BALSTn анализ нуклеотидной последовательности фрагмента генома гаммапиломавируса каспийских тюленей демонстрируют их идентичность, с папилломавирусом человека типа 4.
В образце детеныша тюленя был идентифицирован анелловирус в пуле носовых смывов с длиной считывания 848 нуклеотидов. 544 нуклеотида соответствуют анелловируса тюленя Seal anellovirus TFFN/USA/2006, в пределах от 19 до 636 нт., идентичность составляет 87% (544 нт из 624 нт). Анелловирусы представляют собой безоболочечные кольцевые вирусы с одноцепочечной ДНК, принадлежащие к семейству Anelloviridae.
В ректальных смывах бельков также идентифицированы контиги вируса гриппа А. Вирус гриппа от каспийскго тюленя принадлежал подтипу H5, идентичные тому который вызвал массовый гибель чайковых птиц летом 2022 г. на гнездовых колониях в искусственных островах на месторождение Кашаган.
Что касается взрослых самок тюленей, в ротовых смывах обнаружены геномные последовательности двух типов герпесвирусов, такие как гамма-герпесвирус КРС 6 и гаммагерпесвирусу Phocid 3 (герпесвирус гренландского тюленя). Соответствия между идентифицированными нуклеотидами и изолятом вируса герпеса гренландского тюленя FMV04-1493874 составлял 1344 нт в диапазоне 24727 до 26070 нт геномной последовательности полимеразного белка, всего 1258 нт из 1344 нт (94%).
Таким образом, в пробах обеих групп животных присутстствовали γ-папиломавирусы. В пробах взрослых животных дополнительно обнаружены β-папиломавирусы и герпесвирусы. В биологические образцы бельков каспийских тюленей отличались наличием аннеловирусов и высокопатогенным вариантом вируса гриппа А H5N1.
В 2023 гг. для вирусологических, виромных и метагеномных исследований было получено 66 клинических образцов от 18 особи каспийского тюленя (12 детенышей и 6 лактирующих самок).

По теме НИР опубликовано:
1.               Kydyrmanov A, Karamendin K, Kassymbekov Y, Kumar M, Mazkirat S, Suleimenova S, Baimukanov M, Carr IM and Goodman SJ (2023) Exposure of wild Caspian seals (Pusa caspica) to parasites, bacterial and viral pathogens, evaluated via molecular and serological assays. Front. Mar. Sci. Sec. Marine Megafauna, Volume 10 - 2023 doi: 10.3389/fmars.2023.1087997
2.               Kydyrmanov A.I., Karamendin K.O., Kasymbekov E.T. Study of the Caspian seal (Pusa caspica) virome. Морские млекопитающие Голарктики. Сборник научных трудов. 2023. Москва, стр. 189-193. https://doi: 10.35267/978-5-9904294-8-1-2023-189-193

Цель проекта: Целью проекта является изучение возникновения и распространения новых вариантов и подтипа вирусов гриппа А среди диких птиц на территории Казахстана, их генетическое разнообразие и филогенетические взаимосвязи для получения новых данных о направлениях их эволюции и отбор наиболее актуальных вариантов для использования их в качестве вакцинных и диагностических препаратов.

Результаты: В ходе исследования выявили ряд известных подтипов ВГП, последовательность гемагглютинина одной пробы полученной от клоакального смыва голубой чернети сильно отличалась от таковых известных подтипов вируса гриппа А. Гемагглютинин из этого образца имеет только 68,2% нуклеотидной и 68,5% аминокислотной идентичности с его ближайшими родственными штаммами вируса гриппа А подтипа H9. Новая аминокислотная последовательность этого поверхностного гликопротеида представляет собой потенциального кандидата на новый подтип гемагглюинина вируса гриппа птиц, номинально H19. Кодирующая последовательность гемагглютинина был депонированы в базе данных Genbank под номером доступа ON637239 как референсный последовательность нового подтипа вируса гриппа А/H19.
Изучена степень реассортации и межвидовой передачи в генных сегментах казахстанских изолятов вируса гриппа птиц подтипов H5N1 и H9N2. Широта происхождения источников генного пула казахстанских изолятов H5N1 и H9N2 включал вирусы изолированные в Евразийском и Африканском континентах. Установлены структуры функционально активных сайтов и молекулярные маркеры определяющих круг хозяев и патогенности казахстанских изолятов вируса гриппа птиц.
Перечень опубликованных работ:

1. Karamendin K., Kydyrmanov A., Daulbayeva K., Kasymbekov E., Seidalina A., Khan E, Sayatov M. Viral metagenomic studies of wild birds. Biotechnology & Biotechnological Equipment Volume 35, 2021 - Issue sup1: Special Issue: European Biotechnology Congress 2020; S91, Guest Editor: Prof. Munis Dundar https://doi.org/10.1080/13102818.2020.1871545 (язык оригинала английский).
2. Khan Y.; Suleymenova S.; Kassymbekov Y.; Karamendin K.; Daulbayeva K.; Yessentureeva M. and Kydyrmanov A. Equine influenza outbreaks in Kazakhstan in 2020. Equine veterinary Journal. Volume 53, Issue S56. P.74. Special Issue: Abstracts of the 11th International Equine Infectious Diseases Conference, 27th September – 1st October 2021 (язык оригинала английский). First published 24 September 2021 https://doi.org/10.1111/evj.114_13495
3. Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Даулбаева К.Д., Касымбеков Е.Т. Чайки как трансконтинентальные переносчики вирусов гриппа птиц // XV Международная орнитологическая конференция Северной Евразии, посвящённая памяти академика М.А. Мензбира (165-летие со дня рождения) /СИМПОЗИУМ «ПТИЦЫ И ИХ РОЛЬ В РАСПРОСТРАНЕНИИ ВИРУСОВ» Иркутск, Россия, 23–28 августа 2021 г. С.52-53. В кн.: Орнитологические исследования в странах Северной Евразии : дополнительный выпуск, Иркутск, 23–28 августа 2021 года. – Иркутск: Аспринт, 2021. – 58 с. – ISBN 978-5-6046989-0-7. – EDN XEJMGU. https://elibrary.ru/download/elibrary_49226727_18801095.pdf (язык оригинала русский).
4. Fereidouni, S., Starick, E., Karamendin, K., Genova, C. D., Scott, S. D., Khan, Y., Harder, T., & Kydyrmanov, A. (2023). Genetic characterization of a new candidate hemagglutinin subtype of influenza A viruses. Emerging microbes & infections, 12(2), 2225645. https://doi.org/10.1080/22221751.2023.2225645 Q1, Percentile 98 (язык оригинала английский).
5. Байкара, Б., Касымбеков Е., Хан, Е., Даулбекова К., Нуралибеков С., Сабыржан Т., Fereidoun, S., Карамендин К., & Кыдырманов А. (2023). Молекулярно-генетическая характеристика высокопатогенного штамма вируса гриппа птиц А/Mute swan/Mangystau/9421/2022 изолированного от зимующих птиц на побережье каспийского моря. Микробиология және вирусология, 3(42), 125–140. https://doi.org/10.53729/MV-AS.2023.03.08 https://www.gov.kz/memleket/entities/quality/documents/details/498777?lang=ru Входит в список рекомендуемых изданий КОКНВО (Дата и номер приказа 22.10.2022 ж. № 48) IF 0.038 по КазБЦ (язык оригинала русский).
6. Kydyrmanov A., Fereidouni S., Starick E., Karamendin K., Genova C.D., Simon D. Scott, Khan Ye, Harder T. A New Hemagglutinin Subtype (H19) Of Influenza A Viruses // International Scientific and Practical Conference “Biotechnology And Biological Safety: Achievements and Development Prospects”, Dedicated To the 65th Anniversary of The Research Institute For Biological Safety Problems (Former NISKHI). Almaty, Kazakhstan. 7-8th September 2023, Abstract book. P.46-47. Кыдырманов А., Ферейдoуни С., Старик Э., Карамендин К., Генова С.Д., Саймон Д. Скотт, Хан Е, Хардер Т. Новый подтип гемагглютинина (H19) вирусов гриппа А // Международная научно-практическая конференция. «Биотехнология и биологическая безопасность: достижения и перспективы развития», посвященная 65-летию НИИ проблем биологической безопасности (бывший НИСХИ). Алматы, Казахстан. 7-8 сентября 2023 г., Сборник тезисов. стр.46-47. https://biosafety.kz/%d1%82%d0%b5%d0%b7%d0%b8%d1%81%d1%8b/ (язык оригинала русский/английский)

Патенты:

1. Патент на полезную модель №7366 (Заявка № 2022/0511.2) «Способ получения вакцины против гриппа лошадей» / Батанова Ж.М., Сансызбай А.Р., Ахметсадыков Н.Н., Кыдырманов А.И. КазПатент; (45) 19.08.2022, Оф. бюлл. "Промышленная собственность". Язык оригинала русский.
2. Уведомление о выдаче патента РК на полезную модель «Штамм вируса гриппа птиц клада 2.3.4.4b А/чеграва/Атырау/9184/2022 (H5N1), используемый для приготовления диагностических препаратов и вакцин» по заявке №2023/0835.2 (Решение экспертной организации от 05.10.23 г.). Язык оригинала русский.
3. Уведомление о положительном результате формальной экспертизы по заявке на изобретение «Штамм вируса гриппа птиц А/лебедь- кликун/Сорбулак/7994/2019 (H9N2), используемый для приготовления диагностических препаратов» (2023/0056.1 от 27.01.2023). Язык оригинала русский.

Цель проекта: Характеристика с помощью метагеномного анализа широкого круга вирусов инфицирующих каспийских тюленей, динамики их циркуляции, обнаружение ранее не идентифицированных и малоизученных вирусных патогенов и оценка их участия в массовой заболеваемости и смертности животных, создание препаратов для молекулярной диагностики инфекций.
Результаты: В 2020-2022 гг. в результате экспедиционных выездов собраны 138 биологических образцов от 19 живых особей и 17 трупов тюленей.
С применением метода массового параллельного секвенирования, идентифицированы три новых вируса каспийского тюленя из материалов, собранных в ноябре 2020 г. в казахстанской части моря. Новые вирусы каспийских тюленей предварительно отнесены к papilloma-like, lentivirus-like и retrovirus-like вирусам. Новый лентивирус каспийского тюленя, возможно, является отдельным видом в данном семействе вирусов, вызывающие иммунодефицитное состояние животных приводящие к снижению их устойчивости к оппортунистическим инфекциям. У каспийского тюленя были идентифицированы многие последовательности семейств вирусов, таких как Picornaviridae, Adenoviridae, Circoviridae, Herpesviridae, Caliciviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Smacoviridae, Anelloviridae и Parvoviridae. На основании исследованных выборок, полученные данные свидетельствуют об относительном благополучии популяции каспийских тюленей по отношению к массовым вирусным инфекциям морских и наземных плотоядных.
Возможность диагностировать обширный спектр возбудителей заболеваний позволил сделать выводы о том, что вирусные агенты не стали причиной массового выброса трупов каспийских тюленей на Дагестанском побережье моря в декабре 2020 г.
Результаты НИР могут быть использованы при прогнозировании эпизоотических и экологических ситуаций в популяциях каспийских тюленей, своевременной расшифровке вспышек заболеваемости и контроле над чрезвычайными ситуациями среди этих животных.
Перечень опубликованных работ:

1. Кыдырманов, А., К. Карамендин, Е. Касымбеков, С. Сулейменова, и С. Гудман. «ГЕРПЕСВИРУСЫ КАСПИЙСКИХ ТЮЛЕНЕЙ (PUSA CASPICA)». Микробиология және вирусология, вып. 2(37), июль 2022 г., doi:10.53729/MV-AS.2022.02.04.
2. Кыдырманов, А., Карамендин, К., Сабыржан, Т. и Гудман, С. 2022. Вирусы гриппа у морских млекопитающих. Микробиология және вирусология. 3(38) (сен. 2022), 23–46. doi:10.53729/MV-AS.2022.03.02
3. Geiselhardt F, Peters M, Jo WK, Schadenhofer A, Puff C, Baumgärtner W, Kydyrmanov A, Kuiken T, Piewbang C, Techangamsuwan S, Osterhaus ADME, Beineke A, Ludlow M. Development and Validation of a Pan-Genotypic Real-Time Quantitative Reverse Transcription-PCR Assay To Detect Canine Distemper Virus and Phocine Distemper Virus in Domestic Animals and Wildlife. J Clin Microbiol. 2022 May 2:e0250521. doi: 10.1128/jcm.02505-21. Epub ahead of print. Q1, Percentile 89
4. Kydyrmanov A., Karamendin K., Goodman S.J., Kassymbekov Y., Kumar M., Mazkirat Sh., Suleimenova S. Exposure of wild Caspian seals (Pusa caspica) to parasites, bacterial and viral pathogens evaluated via molecular and serological assays. Frontiers in Marine Science (in press), Q1, Percentile 86
5. Karamendin K., Kydyrmanov A., Goodman S.J., Kassymbekov Y., Kumar M. Viromes of Caspian seals (Pusa caspica). Viruses (in press), Q2, Percentile 76

Патенты:

1. Патент на избретения №35549 (Заявка №2020/0742.1 от 26.10.2020) «Высокоспецифичные праймеры для идентификации герпесвируса тюленей PhHV-1 в полимеразной цепной реакции» / Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Сулейменова С.А., КазПатент; (45) 29.04.2022, Оф. бюлл. "Промышленная собственность".
2. Патент на изобретение №35354 (Заявка №2020/0325.1, 20.05.2020) «Штамм вируса гриппа В/Алматы/08/18, используемый для приготовления диагностических препаратов» C12N 7/00 (2006.01); A61K 39/145 (2006.01); C12R 1/92 (2006.01); Кливлеева Н.Г., Кыдырманов А.И., Глебова Т.И., Карамендин К.О., и др. // Патент РК №35354. 2021. Оф. бюлл. "Промышленная собственность" №47. опубл. 26.11.2021 /
3. Заявка на патент. Регистрационный номер №2022/0387.1. от 21.06.2022. «Высокоспецифические праймеры для идентификации аденовируса тюленей в полимеразной цепной реакции» / Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Сулейменова С.А., Сабыржан Т.Б.

Цель проекта: Выявление спектра вирусных популяций, циркулирующих среди диких птиц Казахстана, их молекулярно-генетических исследованиях и рекомендации протокола массового параллельного секвенирования.
Результаты: В местах весеннего и осеннего перелетов в 2018-2020 гг. собрано 337 проб от 231 птиц 21 вида для последующего скрининга. Выбраны оптимальные протоколы для секвенирования: для получения полного генома РНК вируса рекомендуется использовать набор NEBNext Ultra RNA Sequencing Kit (NEB, США), для исследования вирома рекомендуется протокол Sequence Independent Single Primer Amplification.
Выявлена циркуляция в Казахстане ортоавулавирусов 1 и 16 и параавулавирусов 4 , а также вирусов гриппа подтипов Н10 и Н1 в составе виромов диких птиц, что подтверждает ключевую роль орнитофауны в поддержании орто- и паорамиксовирусов в биосфере. Определено, что виром Пластинчатоклювых содержит лентогенные ортоавулавирусы 1, в то время как виром бакланов содержит велогенные штаммы ортоавулавирусов 1 (ВБН).
Пластинчатоклювые также явились переносчиком непатогенных вариантов вируса гриппа птиц H1N1 и H10N1. Выявлено, что виром Чайковых содержит новый смертельный аденовирус, который может вызвать массовые падежи.
Перечень опубликованных работ:

1. Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Даулбаева К.Д., Касымбеков Е.Т., Саятов М.Х. Технологии секвенирования нового поколения для расшифровки полного генома вирусов диких птиц // Конференция Astana-Biotech-2018. - С. 117.
2. Karamendin K.O., Kydyrmanov A.I., Kasymbekov Ye.T., Daulbayeva K.D., Sayatov M.H. Application of massive parallel sequencing for the investigation of wild birds viruses // The bulletin of the National Academy of Sciences of the Republic of Kazakhstan. – №4, -P. 31.
3. Karamendin K.O., Kydyrmanov A.I., Kasymbekov E.T., Daulbayeva K.D., Khan E.Y., Sayatov M.K. Pigeon paramyxovirus in wild avifauna of Kazakhstan // Eurasian Journal of Applied Biotechnology, -№4, -2018, -С. 35-39.
4. Сейдалина А.Б., Хан Е.Я., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И. Случай реизоляции нового серотипа парамиксовирусов-16 в Казахстане. Материалы международной научной конференции студентов и молодых ученых "Фараби Əлемі". Алматы, Казахстан, 9-10 апреля 2019 г. – Алматы: Қазақ университеті, -2019, – C. 210.
5. Karamendin K., Kydyrmanov A., Kasymbekov Ye., Khan E., Daulbayeva K., Sayatov M. Cormorants As Potential Victims And Reservoirs Of Velogenic Newcastle Disease Virus (Orthoavulavirus-1) In Central Asia //Avian Diseases. – 2019. – Vol. 63(4). – P. 599-605.
6. Karamendin K., Kydyrmanov A., Kasymbekov Ye., Seidalina A., Daulbaeva K., Sayatov M., Fereidouni S. Evolution of Avian orthoavulavirus 16 in wild avifauna of Central Asia // Heliyon. - https://doi.org/10.1016/j.helion.2019.e03099.
7. Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Сейдалина А.Б., Хан Е.Я., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Саятов М.Х. Генетическая характеристика нового для Казахстана Авулавируса птиц 16. -С. 200-204. Материалы Международной научно-практической конференции «Современные вызовы для биотехнологии, ветеринарии и медицины». – Гвардейский, 2020. – 222 с.
8. Karamendin K., Kydyrmanov A., and Fereidouni S. High mortality in terns and gulls due to the novel gull adenovirus. Journal of Wildlife Diseases.
9. Патент №33924 (Заявка №2018/0393.1. от 11.06.2018) «Штамм вируса гриппа А/лошадь/ЮКО/236/2012 (Н3N8), используемый для приготовления диагностических препаратов» / Хан Е.Я., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Жуматов К.Х., Саятов М.Х. КазПатент.

Цель проекта: Изучение молекулярной эволюции, особенностей циркуляции парамиксовирусов диких птиц, и подбор оптимальных кандидатов для разработки диагностических тест-систем.
Результаты: Для вирусологических исследований собраны 624 биологические образцы в виде трахеальных и клоакальных смывов от 489 особей 37 видов диких птиц. Получены данные о циркуляции в Казахстане ПМВ птиц серотипов APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-16 и APMV-20. Новые штаммы APMV-20, выделенные в 2013 г. в Атырауской области и на оз. Балхаш, характеризовались отсутствием патогенности для куриных эмбрионов и однодневных цыплят. Получены полные нуклеотидные последовательности всех шести генов изолятов APMV-20/черноголовый хохотун/Атырау/5541/2013 и APMV-20/озерная чайка/Балхаш /5844/2013. Установлен следующий порядок их очередности: 3’-NP-P/V/W-M-F-HN-L-5’, кодирующий восемь белков, что соответствует размерам генов референсного вируса APMV-20/чайка/Актау/5976/2014. Выявлено 2640 нуклеотидных замен, из которых 273 оказались синонимическими т.е. оказывающие влияние на аминокислотную структуру вирусов. Наиболее консервативными на каждые сто нуклеотидов генома оказались гены внутренних белков M, NP и L, что характерно для большинства известных вирусов.
Список опубликованных работ:

1. Karamendin K., Kydyrmanov A., Kasymbekov Y., Asanova S., Daulbayeva K., Seidalina A., Khan E., Harrison S., Carr Ia., Goodman S., Moldakozhayev A., Sayatov M. Novel avian paramyxovirus isolated from gulls in Caspian seashore in Kazakhstan // PLoS ONE. – 2018. - 12(12): e0190339. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0190339. Impact factor 2.74. Q 2. 91-й процентиль. СiteScore 5.2.
2. Fereidouni S., Jenckel M., Seidalina A., Karamendin K., Beer M., Starick E., Asanova S., Kasymbekov E., Sayatov M., Kydyrmanov A. Next-generation sequencing of five new avian paramyxoviruses 8 isolates from Kazakhstan indicates a low genetic evolution rate over four decades // Archives of Virology. – 2018. – Vol. 163(2). P. 331-336. doi: 10.1007/s00705-017-3593-9. Impact factor 2.243. Q 3. 49-й процентиль. СiteScore 4.2.
3. Kydyrmanov A., Sayatov M., Karamendin K., Kasymbekov Ye., Seidalina A., Daulbaeva K., Khan Ye., Suleimenova S. Novel avian paramyxoviruses among wild birds in Kazakhstan // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2018. - No. 3. - pp. 390–393. КБЦ 0.117.
4. Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Саятов М.Х., Fereidouni Sasan Применение метода массового параллельного секвенирования при исследовании вирусов диких птиц // Вестник НАН РК. Сер. Биологическая и медицинская.- № 4.- 2018. - С. 211-216. Рекомендовано ККСОН МОН РК.
5. Sayatov M.Kh., Seidalina A.B., Karamendin K.O., Kydyrmanov A.I., Kasymbekov Ye.T., Daulbaeva K.D., Khan E.Ya., Suleimenova S.A., Zhumatov K.Kh. Isolation and molekular-genetic characteristics of the novel avian paramyxovirus APMV-13 // News of the National academy of sciences of the Republic of Kazakhstan / Series of biological and medical. Vol.4, Number 334 (2019), P.,51 – 57 https://doi.org/10.32014/2019.2519-1629.39. Рекомендовано ККСОН МОН РК.
6. Карамендин К.О., Саятов М.Х., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Асанова С.Е., Даулбаева К.Д., Хан Е.Я. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Avian Avulavirus 20, выделенных от диких птиц // Вопросы вирусологии. 2019;64(4):185-192. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2019-64-4-185-192. Impact factor – 0.439, 15-й процентиль.
7. Сейдалина А.Б., Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Хан Е.Я., Даулбаева К.Д., Сулйменова С.А., Есентуреева М.О., Саятов М.Х. Птичий ортоавулавирус APMV-13/белолобый гусь/Северный Казахстан/5751/2013, используемый для приготовления диагностических препаратов // Новости науки Казахстана. – 2020. - №4. - С. РИНЦ, КБЦ - 0.127.

Участие в конференциях:

1. Касымбеков Е.Т., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Саятов М.Х., Даулбаева К.Д., Хан Е.Я., Сулейменова С.А. Полногеномный анализ вируса болезни Ньюкасла, изолированного от сизого голубя в Южном Казахстане в 2015 году / V Международная конференция молодых ученых: биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2018: Сб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2018.— 426 с., cc.172-175.
2. Kasymbekov Ye., Sayatov M., Karamendin K., Kydyrmanov A. Genetic diversity of avian paramyxoviruses serotype 1 circulating among poultry and wild birds in Kazakhstan // Focused meeting 2018: Molecular Biology And Pathogenesis Of Avian Viruses. Oxford, UK, 2018.
3. Касымбеков Е.Т., Сейдалина А.Б., Карамендин К.О., Саятов М.Х. Изоляция нового птичьего парамиксовируса-13 в Казахстане // Материалы международной научной конференции студентов и молодых ученых "Фараби Əлемі". Алматы, Казахстан, 9-10 апреля 2019 г. – Алматы, Казахстан. – 2019 – С. 196-197.
4. Сейдалина А.Б., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Хан Е.Я., Сулейменова С.А., Саятов М.Х. Молекулярно-генетическая характеристика нового штамма APMV-20/черноголовый хохотун/Атырау/5541/2013 // Современные вызовы для биотехнологии, ветеринарии и медицины: матер. межд. науч.-прак. конф. – Гвардейский , 2020.- С.209.
5. Сейдалина А.Б., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Хан Е.Я., Сулейменова С.А., Саятов М.Х. Генетическая характеристика казахстанских изолятов метаавулавирусов птиц // Современные вызовы для биотехнологии, ветеринарии и медицины: матер. межд. науч.-прак. конф. – Гвардейский , 2020.- С.215.

Патенты:

1. Патент на № 32593. «Штамм парамиксовируса серотипа-8/лебедь-кликун/СКО/5767/2013, используемый для приготовления диагностических препаратов». Заявка № 2016/0602.1 от 07.07.2016 Авторы: Кыдырманов А.И., Саятов М.Х. Карамендин К.О., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Сейдалина А.Б., Хан Е.Я., Касымбеков Е.Т., Жуматов К.Х., Сулейменова С.А. КазПатент.
2. Патент на №33988. «Штамм ПМВ-13/белолобый гусь/СКО/5751/13 (№ 2017/0832), используемый для приготовления диагностических препаратов» №2018/0517.1. от 24.07.2018. / Сейдалина А.Б., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Асанова С.Е., Касымбеков Е.Т., Хан Е.Я., Даулбаева К.Д., Сулейменова С.А., Жуматов К.Х., Саятов М.Х.

Цель проекта: Характеристика видового разнообразия вирусов каспийских тюленей с помощью метагеномного анализа, обнаружение неизвестных вирусных патогенов и оценка их роли в инфекционной патологии тюленей.
Результаты: В 2018-2020 гг. было получено 162 клинических образцов и секционных материалов от 52 тюленей (39 живых особей и 13 трупов) для вирусологических, микробиомных, виромных и гистологических исследований. В результате метабаркодирования ДНК микробиома респираторного тракта, в бактериальной микробиоте носовой полости каспийского тюленя идентифицированы 515 видов микроорганизмов, которые составляют 59,5% общего количество полученных ридов библиотек 16S гена рРНК прокариотов. Проведено «массовое параллельное секвенирование» биологических материалов, собранных от каспийских тюленей. Последовательности классифицированы на эукариотические вирусы, фаги, бактерии и эукариоты на основе таксономического происхождения последовательности с наибольшим попаданием. Значение E, равное 0,001, использовалось в качестве предельного значения максимальных попаданий. В пробах каспийских тюленей эукариотические вирусы с относительно высокой гомологией обнаружены к герпесвирусам и поксвирусам. С праймерами к gD и UL52 генам проведен ПЦР скрининг материалов на присутствие ДНК герпесвирусов тюленей. При секвенировании нуклеотидных последовательностей фрагмента gD гена вируса PhHV-1 каспийских тюленей, их идентичность с таковыми изолята PB84 от обыкновенного тюленя (Phoca vitulina) составила 92%. Получены полногеномные последовательности трех штаммов вируса чумы плотоядных от каспийских тюленей. Обнаружены уникальные геномные различия в их составе. Они включают в себя 16 синонимичных и три несинонимических мутации с аминокислотными заменами. Эпизоотические штаммы морбилливирусов каспийских тюленей относится к отдельному кластеру «Caspian» исходящий от монофилетической группы американских штаммов, которые отделялись от остальных групп приблизительно в 1832 г. Результаты НИР могут быть использованы при прогнозировании эпизоотических и экологических ситуаций в популяциях каспийских тюленей, своевременной расшифровке вспышек заболеваемости и контроле над чрезвычайными ситуациями среди этих животных.
Перечень опубликованных работ:

1. Goodman S., Clarke L., Jackson A., Brooke T., Stenhouse E., Stathopoulou M., Kydyrmanov A., Karamendin K., Baimukanov M. Assessment of genetic variation, population structure and demographic history of Caspian seals (Pusa caspica) using microsatellites and mitochondrial sequence variation. Marine Mammals of the Holarctic // Collection of Scientific Papers. – Moscow, 2018. - Vol. 1, 266 pages.
2. Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Дмитриева Л., Гудман С. Вирусологический мониторинг популяции каспийских тюленей (Pusa caspica) в 2007 – 2014 гг. // Морские млекопитающие Голарктики. Сборник научных трудов. - Москва, 2018. - Т. 1. 266 стр.
3. Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Дмитриева Л., Гудман С. Количественные показатели уровня гормонов щитовидной железы у каспийского тюленя pusa caspica (Gmelin, 1788) // Биология моря. – 2018. - том 44. - № 5. - С. 333–336.
4. Kydyrmanov A., Karamendin K., Kassymbekov E., Dmitrieva L., Goodman S. Quantitative Analysis of Thyroid Hormone Levels in the Caspian Seal Pusa caspica (Gmelin, 1788) // Russian Journal of Marine Biology. – 2018. - Vol. 44. - No. 5. - pp. 390–393. © Pleiades Publishing, Ltd., 2018.  Impact Factor 0,614, Q4., CiteScore 0,9.
5. Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Гудман С. Циркуляция тюленьего герпесвируса PhHV-1 в популяции каспийских тюленей (Pusa Caspica). Морские млекопитающие Голарктики. Сборник научных трудов. 2019. Т. 1. Москва, 171-173 стр. DOI: 10.35267/978-5-9904294-0-6-2019-1-171-174.
6. Kydyrmanov A.I., Karamendin K.O. Viruses of marine mammals and metagenomic monitoring of infectious diseases // BULLETIN OF NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE REPUBLIC OF KAZAKHSTAN ISSN 1991-3494 Volume 4, Number 380 (2019), 147 – 153 https://doi.org/10.32014/2019.2518-1467.103.
7. Jo WK, Peters M, Kydyrmanov A, van de Bildt MWG, Kuiken T, Osterhaus A, Ludlow M. The Canine Morbillivirus Strain Associated with An Epizootic in Caspian Seals Provides New Insights into the Evolutionary History of this Virus. Viruses 2019, 11(10), 894; https://doi.org/10.3390/v11100894 IF 4,001 Q2. Cite Scop 0.3, 82-й процентиль.

Участие в конференциях:

1. Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Гудман С. Циркуляция тюленьего герпесвируса PhHV-1 в популяции каспийских тюленей (Pusa Caspica) // Сборник тезисов X-ой Международной конференции «Морские млекопитающие Голарктики», посвящѐнной памяти А.В. Яблокова, г. Архангельск, 29 Октября – 02 Ноября 2018 г., 216 стр. (C.62-63).
2. Kydyrmanov A., Karamendin K., Kassymbekov E., Moldakozhayev A., Goodman S. Metagenomic study of Caspian seals (Pusa caspica) microbiome of respiratory, urogenital and alimentary tracts // The 32nd Conference of the European Cetacean Society, La Spezia, Italy, 2018. Abstract book. - P.137.
3. Касымбеков Е.Т., Сулейменова С.А., Кыдырманов А.И., Карамендин K.О. Вирусологический и серологический мониторинг за циркуляцией вируса гриппа А среди каспийских тюленей (2007-2017 гг.). // Материалы международной научной конференции студентов и молодых ученых "Фараби Əлемі". Алматы, Казахстан, 9-10 апреля 2019 г. – Алматы, Казахстан. – 2019 – С. 195-196.
4. Касымбеков Е.Т., Кыдырманов А.И., Карамендин K.О. Метагеномный анализ микробиома респираторного, урогенитального и желудочно-кишечного трактов каспийского тюленя // СБОРНИК МАТЕРИАЛОВ XXIІI международной научно-практической конференции молодых ученых и студентов «Научная молодежь в аграрной науке: достижения и перспективы» в рамках проведения года Молодежи Республики Казахстан 26-27 апреля 2019 года. –Алматы: КазНАУ, 2019. – С. 125-128. ISBN 978-601-241-688-6.
5. Хан Е.Я., Касымбеков Е.Т., Сулейменова С.А., Карамендин К.О., Есентуреева М.О., Кыдырманов А.И. Изучение циркуляции вируса гриппа В среди каспийских тюленей (Pusa caspica) // Современные вызовы для биотехнологии, ветеринарии и медицины: матер. межд. науч.-прак. конф. – Гвардейский , 2020.- С.134-137.
6. Касымбеков Е.Т., Карамендин К.О., Кыдырманов А.И. Массовое параллельное секвенирование вирома каспийских тюленей // Современные вызовы для биотехнологии, ветеринарии и медицины: Матер. межд. науч.-прак. конф. – Гвардейский, 2020.- С.204-209.

Монографии и патенты:

1. Кыдырманов А.И, кандидат ветеринарных наук Карамендин К.О./ Вирусные инфекции каспийских тюленей.-Алматы: ТОО «Научно производственный центр микробиологии и вирусологии» / ,2020.-93стр
2. Патент №33924 «Референсный штамм парамиксовируса PMV 20/sea-gull/Aktau/5976/2014 используемый для приготовления диагностических препаратов» / Кыдырманов А.И., Карамендин К.О., Касымбеков Е.Т., Даулбаева К.Д., Асанова С.Е., Хан Е.Я., Сейдалина С.Б., Сулейменова С.А., Саятов М.Х. КазПатент.
3. Патент №34354 «Высоко специфичные праймеры для идентификации вируса морбилливируса плотоядных вполимеразной цепной реакции» / Карамендин К.О., Кыдырманов А.И., Касымбеков Е.Т., Сулейменова С.А., КазПатент.